El primer grado de doctor en medicina fue otorgado el 10 de agosto de 1553 a Juan Blanco Alcázar, quien incorporó su título expedido por la Universidad de Lérida.

Los trámites de la Cátedra Prima de Medicina se iniciaron el 12 de diciembre de 1576 a través de una carta del rector, doctor Pedro Arteaga Mendiola, al monarca español, aprobándose por éste el 11 de enero de 1578. La convocatoria para la oposición correspondiente permitió declarar triunfador al doctor Juan de la Fuente el 21 de junio del mismo año. De tal manera, el primer curso de medicina impartido en la Real y Pontificia Universidad de México inició sus actividades el 7 de enero de 1579.

El programa de estudios se ajustaba al entonces vigente en la Universidad de Salamanca, al igual que el resto de las actividades normativas de la Real y Pontificia Universidad de México. Dicho programa constaba de cuatro años de estudios y el doctor de la Fuente leía en ellos textos de Galeno e Hipócrates a los que se sumaba el libro noveno del tratado Ad Almanzorem del célebre médico árabe Rhazés. Durante el último año se hacía especial referencia a los textos sobre los días críticos y el Methodo Medendi, ambos de Galeno. Posteriormente, loas alumnos realizaban una práctica de dos años al lado de un médico reconocido y sólo después de cumplido este requisito podrían optar por los grados de licenciado, maestro y doctor.

Al abrirse una segunda cátedra, la de Vísperas de Medicina en 1599, se planteó un programa paralelo que era en su naturaleza más apegado a la tradición del galeno-hipocratismo-renacentista que la Cátedra Prima. El programa excluyó a los autores árabes, excepción hecha de Avicena, que estudiaba los Aforismos de Hipócrates en el primero y cuarto año y en el tercero se leía el De locis affectis de Galeno, en el que se expresaba una doctrina acerca de los problemas locales provocados por las enfermedades.

En 1621 se agregaron dos cátedras más, la de anatomía y Cirugía, dictada en latín para médicos y en castellano para cirujanos, y la de Methodo Medendi; es decir, de terapéutica, que se comenzó a impartir un año después. La única cátedra agregada a las anteriores durante el resto del siglo XVII y todo el XVIII fue la de astrología y Matemáticas, creada en la Facultad de Medicina en 1638; misma que sirvió para liquidar las pretensiones de la Astrología como ciencia, encauzar su paso a la Astronomía y dar un lugar definitivo a las Matemáticas. A mediados del mismo siglo se impuso un modelo teórico-práctico que incluyó la disección en cadáver.

Poco antes del fin del régimen colonial en 1805, se fundó una última e importante cátedra: la de Clínica, encomendada a su promotor el doctor Luis Montaña, figura de primer orden en la historia de la medicina mexicana. A través de esta cátedra fueron introducidas a la enseñanza en nuestro país las teorías de Jhon Brown.

Con la declaración de la Independencia, la Real y Pontificia Universidad e México pasó a ser Nacional y Pontificia, con todo y su Faculta de Medicina dotada de las mismas cátedras que ya tenía.

La reforma de la educación que culminó con las disposiciones y leyes que implementó Valentín Gómez Farías en 1833, trajo consigo la clausura de la Universidad y la creación de la Dirección de Enseñanza superior con seis Establecimiento de Ciencias. El cuarto de éstos fue el de Ciencias Médicas, creado el 23 de octubre de 1833; mismo que unió los estudios médicos y quirúrgicos. En esta fecha se abre la historia moderna de la Facultad de Medicina

La idea rectora fue entonces desarrollar una escuela de Medicina actualizada y moderna, tomando como marco de referencia los avances científicos más significativos alcanzados en otros países como eran Francia, Inglaterra y Alemania

Bajo la guía de Casimiro Liceaga se estableció un programa en el que se prestaba particular atención a la enseñanza de la Fisiología, convertida en la ciencia básica fundamental de la cirugía con sus bases anatómicas y de la Obstetricia. Las patologías y clínicas dieron cabida a la revolución anatomo-patológica; las cátedras de farmacia y terapéutica asumieron el radical cambio de las antiguas mezclas a los medicamentos químicos, en tanto que las sangría comenzaban a desaparecer. La imagen del médico fue sustituida por la del médico cirujano.

A un año de su creación, el Establecimiento de Ciencias Médicas fue reincorporado como Escuela de Medicina a la Universidad reinstalada por Santa Ana para peregrinar a través de diferentes locales y esquemas administrativos, siendo sucesivamente, Colegio de Medicina, Escuela de Medicina del Distrito Federal y como Escuela Nacional de Medicina a partir de 1854, fecha en que de manera definitiva se instala en el Antiguo Palacio de la Inquisición.

Paulatinamente se incorporaron nuevas áreas de conocimiento y las primeras especialidades. La Historia apareció en 1882, la Bacteriología y la Anatomía Patológica en 1888; en este mismo año se abrieron por primera vez cursos de perfeccionamiento en Enfermedades Mentales, Dermatología y Oftalmología. La Apertura del nuevo Hospital General en 1905, las radicales modificaciones del Hospital Juárez por esa misma época y la inauguración del Manicomio General en 1910, ofrecieron a esta Escuela campos clínicos modernos y bien equipados que permitieron la excelencia en la enseñanza clínica.

En 1906 se estableció formalmente un plan de estudios. Nuevamente incorporada a la Universidad Nacional, recreada a instancias de Justo Sierra en 1910, la Escuela de Medicina vivió los años agitados de la Revolución, manteniéndose siempre activa y en busca de superación a pesar de las serias limitaciones de todos los géneros que afectaron en esa época a la mayoría de las instituciones mexicanas. Durante la década de los años veinte y particularmente después de 1933, se encadenaron esfuerzos renovadores y se buscó, antes que nada, la consolidación de la enseñanza de las ciencias básicas iniciándose al mismo tiempo su investigación dentro de los laboratorios que empezaron a surgir en el edificio ampliado y remozado. El plan de estudios propuesto e implantado por don Ignacio Chávez y su grupo de trabajo, fue el plan ideal a alcanzar en las siguientes décadas.

En este mismo sentido, los planteamientos del Informe Flexner tuvieron como consecuencia el fortalecimiento de las especialidades tanto básicas como clínicas. En 1936 se creó el Servicio Social y en el curriculum se incluyeron aspectos psicológicos y sociales como conocimientos imprescindibles para el conocimiento en salud.

El 14 de noviembre de 1946 se registró el Plan de Estudios de la carrera de Médico Cirujano de la entonces Escuela de Medicina ante la Secretaría de Educación Pública.

En los albores de la segunda mitad del siglo actual se incorporó el componente práctico en la enseñanza de algunas asignaturas, se reubicaron otras y se dieron pasos para allegarse recursos para fines docentes, como es el uso de la televisión. En 1956 se construyó el edificio para la escuela en la Ciudad Universitaria y se estableció un plan de estudios con énfasis en aspectos preventivos, humanísticos, el estudio integral del enfermo por medio del contacto más cercano con el mismo, la mejoría en la relación maestro-alumno, la reducción del número de alumnos por grupo en los ciclos clínicos, lográndose 30 alumnos con cinco profesores (anteriormente eran 40 alumnos por un profesor) y se dio impulso a la investigación.

Con la sistematización y reorganización de los estudios de posgrado se logró en abril de 1960 la transformación de la Escuela a Faculta de Medicina. Asimismo, se consolidó la departamentalización de su estructura, se formalizó el internado, se operaron modificaciones en el campo de la evaluación y se programaron tutorías familiares.