En el Palacio de Medicina, edificio en el que, por algún tiempo, se instalara el Tribunal de la Santa Inquisición, se llevó a cabo, del 8 al 12 de septiembre, el Primer Congreso Internacional sobre la Inquisición Novohispana, organizado por el Area de Historia de la Universidad Autónoma Metropolitana, el Instituto de Investigaciones Antropológicas y el departamento de Historia y Filosofía de la Medicina de la Facultad de Medicina, UNAM; en esta actividad participaron destacados expertos analizando la influencia de la Inquisición desde el punto de vista de su institucionalidad, la religiosidad popular, la sexualidad, la literatura, el arte, la influencia sobre los indios y los disidentes, así como su acción en la medicina y el surgimiento de textos prohibidos, entre otros aspectos que caracterizaron la actividad del Santo Oficio, "institución que desde una perspectiva actual, provoca simultáneamente horror, asombro y hasta fascinación", dijo el doctor Julio Rubio Oca, rector de la UAM, al inaugurar dicho congreso.

Es importante mencionar, como lo dijo Alicia Gojman Goldberg y reiteraron otros especialistas, que la inquisición española, como posteriormente la novohispana, fue una institución establecida para cuidar de la ortodoxia de la fe y castigar a todos aquellos que fueran herejes o infieles a la religión cristiana. Inicialmente fue creada para castigar a los conversos o nuevos cristianos, cuya anterior religión había sido la judía y que, al convertirse, seguían manteniendo relaciones con sus antiguos correligionarios o practicando en secreto su judaísmo. A estas ofensas o transgresiones se fueron adjuntando con el tiempo, otras que castigaban además a los blasfemos, bígamos, hechiceros, etcétera; y, por supuesto, a los protestantes que se consideraba se estaban alejando de la verdadera religión, por lo que también se les consideraba herejes e infieles.

Con esto, "la Corona Española se convirtió en el adalid de la Contrarreforma y el Santo Oficio fue el instrumento para velar por la ortodoxia. Ahora, para que esta institución pudiera ejercer sus funciones correctamente, existía todo un aparato legal que las regía. Se elaboró una serie de instrucciones o manuales para que los inquisidores supieran cómo proceder en cada una de las transgresiones, además de poder dar el castigo justo en cada uno de los procesos. Por otro lado, se estableció la organización precisa que se debía mantener en cada uno de los tribunales; es decir, desde la cantidad de personas que participarían en él, hasta los salarios que cada uno debía percibir y, por supuesto, la forma en que la población debía reconocer a estos infieles y denunciarlos".

Por su parte, Agnieska Dylawerka de Lagarde, también de la Universidad Nacional Autónoma de México, habló del aspecto político de la Inquisición Novohispana en el siglo XVII. Dijo que el proceso contra fray Jorge de Santa María, franciscano y representante de la Sagrada Congregación de Propaganda de Fide, acusado de hereje y espía de los ingleses a causa de una intriga política armada por la Audiencia de Manila y luego por el Tribunal del Santo Oficio de Manila, contiene novedosos y valiosos datos acerca del papel político de la inquisición novohispana. El análisis detallado de la trama del proceso demuestra que la inquisición novohispana fue un poderoso instrumento político de la Corona Española, que apoyaba estrictos intereses políticos de ésta en las actividades de las misiones, por encima de los intereses religiosos y políticos del Vaticano y sus Congregaciones. Además, la inquisición actuó como cómplice de la audiencia en la intriga que se urdió contra fray Jorge de Santa María. Con eso queda demostrado el fuerte carácter político y el desmesurado poder del Tribunal del Santo Oficio de la Nueva España.

Cabe mencionar que después de la amenaza de bomba realizada por algún moderno inquisidor que preocupó a los habitantes, profesores e investigadores que se reunieron en el edificio de Santo Domingo, antigua sede de la Inquisición en México, en este Primer Congreso Internacional sobre la Inquisición Novohispana se presentó La Música Prohibida por el Santo Oficio, con la interpretación del grupo Nesh Kala, quienes se dieron a la tarea de recoger las letras y hacer los arreglos musicales, ya que en la actualidad no se cuenta con la música escrita de la época.

Finalmente, en este congreso participaron destacados especialistas en el tema como: María Rosa Avila Hernández, Instituto de Investigaciones Bibliográficas; Alicia Gojman Goldberg, ENEP-Acatlán; Javier Sánchez Ruiz y Ernesto de la Torre Villar, Instituto de Investigaciones Históricas; Margo Glantz, Facultad de Filosofía y Letras; Agnieska Dylawerska de Lagarde; Carlos Viesca Treviño, Martha Eugenia Rodríguez y Angelina Galindo, Historia y Filosofía de la Medicina, Facultad de Medicina, instituciones pertenecientes a la UNAM. Además de Raffaele Moro, Ecole D' Hautes Etudes en Sciences Sociales, París, Francia; Salange Alberro, Colegio de México; María Guevara Sanginés, Universidad de Guanajuato; Pedro Miranda Ojeda, Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social; Oswald Sales Colín, Marcela Suárez Escobar y Jaime García, Universidad Autónoma Metropolitana; Flor de María Trejo Rivera, Escuela Nacional de Antropología e Historia; Federica Sodi Miranda y David Aceves Romero, Museo Nacional de Antropología y Museo Casa de Carranza, Instituto Nacional de Antropología e Historia; Georges Baudot Goix y Patrick Lesbre, Universidad de Toulouse Le Mirail, y Raúl Aguilar Carvajal, por la Suprema Corte de Justicia de la Nación, entre otros destacados ponentes.